本隊前身為臺北市政府警察局女子警察隊,於民國40年成立,編制警官7人、警佐57人,共計64人,並於民國80年擴編為85人。民國85年因應勤、業務需要,奉准以任務編組方式,下設行政組、犯罪防治組、保護婦孺組及二個分隊辦事。嗣因家庭暴力及性侵害案件等工作之需要,爰於民國88年6月9日奉准調整各任務單位之業務權責。
內政部警政署鑑於婦幼案件漸受到社會大眾、媒體及國際關注,為提升重大婦幼案件之破案率與被害人滿意度,民國94年訂頒「推動婦幼警察隊偵辦重大婦幼案件執行計畫」函請各縣市警察局將所屬女子警察隊更名為「婦幼警察隊」,並成立專責組偵辦是類案件;本隊爰更名「婦幼警察隊」並訂定組織規程及編制表,編制員額仍維持85人,下設行政組、偵防組及勤務分隊,並置人事管理員及會計員,以因應各項勤、業務運作;嗣於民國103年警政婦幼組織改造修正組織規程及編制表後,本隊編制員額增加為87人,下設單位及人員亦同。